甲A聯賽最早建立於1987年。當年正值第六屆全運會召開，以及中國國家隊衝擊奧運會足球比賽等足球界大事。中國足協籍此機會進行了一系列改革，開始試行將當年的甲級聯賽分為兩組，即甲級A組和甲級B組進行。1987年試驗性的首屆甲A聯賽採取賽會雙循環制進行，沒有降級制度，參賽的八支球隊為1986年甲級聯賽的前七名球隊和是年因參加亞俱杯而僅派二隊出戰的遼寧隊。
1988年，甲級聯賽恢復不分組大循環，其第一階段有21支球隊單循環，成為中國由超過二十支球隊競爭頂級聯賽的絕唱。
1989年，甲A聯賽正式建立，獲得1988年最後一屆甲級聯賽前八名的球隊參加。這一賽制一直穩定進行到1992年。
1993年，為準備職業化聯賽，當年甲級A組的比賽被定性為錦標賽，由八支球隊在廣東選定一個「主場」進行分組「主客場」雙循環比賽。不過這一年賽事的成績對之後毫無影響，因此球隊組成也有悖上年度聯賽名次排位。參賽的八支球隊除了1992年甲A聯賽的前六名外，還包括了兩支「東道主」球隊，即理論上已經降組的92年甲A第七名廣東隊和92年甲B第5名佛山隊，而92年的甲A第八名降組的瀋陽以及92年甲B前四名球隊則參加了甲B聯賽。
1994年中國足球全面推行職業化俱樂部制，從此固定採取主客場雙循環賽制。首屆職業化聯賽有12支球隊參賽，實際就是92年甲A聯賽的八支球隊和甲B聯賽的前四名。
1994至2000年間，甲級A組列後兩位者降級為甲級B組。2001至2002年為備戰世界盃，取消降級制度。
2004年，中國足球協會正式推出「中國足球協會超級聯賽」品牌；將原來的甲級A組聯賽改制為中國足球超級聯賽，甲A聯賽宣告結束。